Potwierdzają się obawy zapoczątkowane interpretacjami wydawanymi od drugiej połowy 2016 r. przez organy podatkowe,  w zakresie konieczności opodatkowania otrzymywanych dotacji podatkiem VAT.

Komentowany problem dotyczy 63 projektów na zakontraktowaną kwotę blisko 80 milionów złotych. Z dofinansowania pochodzącego ze Środków Europejskiego Funduszu Społecznego przeznaczonego na realizację Programu Operacyjnego Wiedza Edukacja Rozwój (POWER 2.2.) miało skorzystać prawie 6 tysięcy mikro, małych i średnich przedsiębiorstw.

Pryzy wcześniejszych edycjach programu, którego celem jest wsparcie firm poprzez opracowanie ich planów rozwoju, fiskus nie domagał się zwrotu VAT od otrzymanego dofinansowania. Natomiast, obecne stanowisko organu podatkowego w tej kwestii jest odmienne, co zostało wyrażone m. in. w interpretacji z dnia 2 czerwca 2017 r. wydanej przez Dyrektora Krajowej Administracji Skarbowej (0114-KDIP1-1.4012.67.2017.2.IZ).

Z wnioskiem o wydanie interpretacji zwrócił się wówczas do dyrektora KAS związek pracodawców, który w ramach programu otrzymał dofinansowanie na doradzanie małym firmom z sektora lotniczego. Związek wyraził swoje stanowisko, zgodnie z którym dotacja stanowi zwrot kosztów związanych z projektem i nie jest dopłatą do ceny, a więc nie należy jej traktować jako obrotu opodatkowanego. Odmienne zdanie wyraził dyrektor KAS, który stwierdził, iż dofinansowanie pokryło 90% kosztów projektu, a więc sfinansowało też m. in. koszty usług doradczych, które stały się w ten sposób niższe a tym samym dotacja wpłynęła na cenę i należy rozliczyć od niej VAT.

Andrzej Malinowski, prezydent Pracodawców RP w liście z lutego br. do wicepremiera Mateusza Morawieckiego wskazał, że w projektach dotacyjnych nie ma możliwości generowania zysku, a więc nie ma mowy o zapłacie za daną usługę. Prezydent dodał, że zmiana dotychczasowego stanowiska zaskoczyła przedsiębiorców i dla wielu stanowi to poważny kłopot, gdyż będą zobowiązani do nieprzewidzianego zwrotu podatku, co spowoduje wstrzymanie realizacji projektów.

W sprawę zaangażowała się już Komisja Europejska, która w lipcu br. wysłała do Polski list wyjaśniający zasady realizacji programów finansowanych ze środków EFS i ich podatkową kwalifikację. Niemniej jednak, Komisja nie określiła czy VAT od POWER 2.2. ma być faktycznie pobierany i kwestię tą pozostawiła do rozstrzygnięcia Polsce.

Zdaniem ekspertów, odnośnie programu POWER 2.2 można uznać, iż dotacja pokrywa jedynie koszty związane z realizacją projektu, ale można też doszukać się związku otrzymanej dotacji ze świadczonymi usługami doradczymi. Z pewnością kwestia odprowadzenia VAT od otrzymanej już dotacji nie byłaby tak wielkim problemem, gdyby stanowisko organu w tej kwestii uległo zmianie przed złożeniem przez przedsiębiorców wniosków o dofinansowanie, gdyż byliby oni przygotowani na zwrot podatku i mogliby go umieścić w kosztach. W chwili obecnej przedsiębiorcy będą zmuszeni pokryć podatek z własnej kieszeni.