Przeprowadzenie likwidacji sp. z o. o. niesie ze sobą skutki także w sferze prawa podatkowego. Sytuację dodatkowo komplikuje fiskus, który ignoruje linię orzeczniczą wypracowaną przez sądy administracyjne.

Procedura likwidacji spółki została uregulowana w kodeksie spółek handlowych. Jednym z etapów likwidacji, zanim skutecznie dojdzie do wykreślenia spółki z rejestru, jest ustalenie podziału pomiędzy wspólników, pozostałego po zaspokojeniu czy zabezpieczeniu wierzycieli, majątku spółki. Majątek dzieli się proporcjonalnie do udziałów każdego ze wspólników. Podział ten, polegający na wydaniu aktywów spółki jej członkom stanowi zdarzenie, które niesie ze sobą skutki w sferze podatkowej. Głównie wątpliwości dotyczą kwestii czy przekazanie majątku wspólnikom powoduje konieczność rozpoznania przychodu od tego zdarzania.

Na tym gruncie podatnicy toczą spory z urzędami skarbowymi, gdyż zdaniem organu podatkowego podział majątku likwidowanej spółki generuje przychód po stronie likwidowanego podmiotu. Fiskus twierdzi, iż w wyniku wykonania świadczenia niepieniężnego regulowane są pewne zobowiązania, w związku z czym powstaje przychód w wysokości zobowiązania uregulowanego w następstwie takiego zdarzenia. Jako podstawę przyjęcia takiego stanowiska fiskus podaje art. 14a ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (CIT).

Natomiast odmienne stanowisko w tej kwestii przyjmują sądy, które nie popierają coraz dalej idących wniosków fiskusa. Zdaniem sądów, organ podatkowy posuwa się za daleko twierdząc, że rozwiązywane spółki są zobowiązane płacić CIT od majątku trafiającego do rąk wspólników w wyniku podziału. Takie wnioski podzielił również Naczelny Sąd Administracyjny. W jednym z najnowszych wyroków jasno wyraził swoje stanowisko, iż spółka przekazująca w ramach likwidacji majątek wspólnikom, nie może uzyskać żadnego przysposobienia, wobec czego nie może być zobowiązana do zapłaty podatku od tej czynności. Ponadto, przekazanie aktywów jest czynnością jednostronną i nieodpłatną, a spółka jest zobowiązana do przekazania majątku na podstawie kodeksu spółek handlowych. Art. 288 § 1 kodeksu spółek handlowych mówi, iż po zatwierdzeniu przez zgromadzenie wspólników sprawozdania finansowego na dzień poprzedzający podział między wspólników majątku pozostałego po zaspokojeniu lub zabezpieczeniu wierzycieli (sprawozdanie likwidacyjne) i po zakończeniu likwidacji, likwidatorzy powinni ogłosić w siedzibie spółki to sprawozdanie i złożyć je sądowi rejestrowemu, z jednoczesnym zgłoszeniem wniosku o wykreślenie spółki z rejestru. Z powyższego wynika więc, że podział majątku następuje już po likwidacji spółki, a w praktyce oznacza to, że jeśli faktycznie spółka miałaby zapłacić podatek to nikt nie byłby zobowiązany do zrobienia tego. Sprawozdanie likwidacyjne jest ostatnim dokumentem księgowym jaki sporządza spółka, a po jego złożeniu nie może już powstać przychód podatkowy.

W związku z tym, iż organy podatkowe nie respektują linii orzeczniczej wypracowanej w tym zakresie przez sądy, spółka oraz wspólnicy powinni zadbać o to, aby likwidacja spółki była poprzedzona profesjonalną analizą podatkową.