Nowelizacja przepisów zwiększa uprawnienia, jak również poszerza grono podmiotów, u których mogą być przeprowadzone określone czynności, mające na celu potwierdzenie poprawności rozliczeń podatkowych. Organy podatkowe przeprowadzające kontrolę lub postępowanie podatkowe, zostały upoważnione do przeprowadzenia czynności u kontrahenta podatnika czy innych podmiotów biorących udział w danej transakcji. Dzięki temu fiskus będzie mógł kontrolować wszystkie etapy tzw. łańcucha dostaw.

Nowe uregulowania w kwestii zwrotu podatku VAT zostały wprowadzone ustawą z dnia 1 grudnia 2016 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw. Dotyczą one art. 87, w którym dodano ust. 2b uściślający zakres i zasady weryfikacji zasadności zwrotu podatku VAT przez naczelnika urzędu skarbowego. Zgodnie z brzmieniem przywołanego przepisu weryfikacja zasadności zwrotu różnicy podatku może obejmować sprawdzenie rozliczenia podatnika, rozliczeń innych podmiotów biorących udział w obrocie towarami lub usługami, będącymi przedmiotem rozliczenia podatnika, oraz sprawdzenie zgodności tych rozliczeń z faktycznym przebiegiem transakcji.

Z powyższego wynika, że celem ustawodawcy było rozszerzenie zasięgu weryfikacji rozliczeń ponad sprawdzanie w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej czy postępowania podatkowego. Z przepisu wprost wynika, że aby stwierdzić zasadność rozliczeń, prześledzić należy wszystkie podmioty, które mają związek z danym obrotem oraz sprawdzić wszystkie dokumenty świadczące o dokonaniu transakcji.

Kolejną istotną zmianą w zakresie weryfikacji rozliczeń jest wprowadzenie do Ordynacji podatkowej art. 274c § 1c, zgodnie z którym regulacje w stosunku do tzw. „kontroli krzyżowych” (czynności sprawdzające prowadzone w ramach kontroli skarbowej podatnika, a odbywające się u jego kontrahenta) stosuje się również do podmiotów prowadzących działalność gospodarczą, uczestniczących w dostawie tego samego towaru lub świadczeniu tej samej usługi, niezależnie od tego czy są dostawcami czy nabywcami biorącymi udział w dostawie towaru lub świadczeniu usługi oraz czy robią to bezpośrednio lub pośrednio. Dzięki temu fiskus może żądać od podatnika przedstawienia dokumentów związanych z daną transakcją (zgodnie z ustawą kontroli podlegają tylko dokumenty związane z prowadzonym postępowaniem podatkowym), tj. faktur sprzedaży, zakupu czy umów. Co istotne, organ podatkowy może również żądać od podatnika wyciągu z ksiąg podatkowych i dowodów księgowych zapisanych w postaci jednolitego pliku kontrolnego.

Podczas kontroli krzyżowych nie może, co do zasady, zostać poddana sprawdzeniu poprawność rozliczeń podatkowych, jednak mimo wszystko wiążą się one z ryzykiem, że podczas ich przeprowadzania zostaną wykryte nieprawidłowości, a w konsekwencji zostanie rozpoczęta kontrola podatkowa.